Федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю», в дальнейшем именуемое «Учреждение», создано в соответствии с приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 24 июня 1997 г. No 105 «О специально уполномоченном государственном органе в области мелиорации земель в Красноярском крае» как Управление по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению Красноярского края путем преобразования государственного предприятия по мелиорации и водному хозяйству в Красноярском крае, переименовано приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 22 марта 2002 г. No 296 «О федеральном государственном учреждении «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю» в федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю», зарегистрировано в этом качестве администрацией города Красноярска 4 апреля 2002 г. No 154 (Свидетельство о государственной регистрации номер 31790 серия 8-Б), реорганизовано приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 18 апреля 2002 г. No 415 «О реорганизации федерального государственного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю» путем присоединения к нему Канского государственного учреждения по эксплуатации мелиоративных систем, Красноярского государственного учреждения по эксплуатации мелиоративных систем управления по мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения Красноярского края, Минусинского государственного учреждения по эксплуатации мелиоративных систем краевого управления «Красноярскмелиоводхоз», Новоселовского государственного учреждения по эксплуатации мелиоративных систем в качестве филиалов и государственного учреждения «Красноярская гидрогеолого-мелиоративная партия», является правопреемником по обязательствам присоединенных к нему государственных учреждений, указанных выше, в соответствии с передаточным актом, зарегистрировано администрацией города Красноярска 25 апреля 2002 г. No 188, внесено в Единый государственный реестр юридических лиц Инспекцией Министерства Российской Федерации по налогам и сборам по Железнодорожному району города Красноярска Красноярского края за основным государственным регистрационным номером 1022401790663 (Свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридический лиц о юридическом лице, зарегистрированном до 1 июля 2002 года, от 15 октября 2002 г. серия 24 No 002363623), с изменениями, зарегистрированными за государственным регистрационным номером 2052460006069 (Свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридических лиц о государственной регистрации изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, от 08 февраля 2005 г. серия 24 No 002237997), с изменениями, зарегистрированными за государственным регистрационным номером 2062460103374 (Свидетельство о внесении записи в Единый государственный реестр юридических лиц о государственной регистрации изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, от 16 октября 2006 г. серия 24 No 004316139), переименовано приказом Минсельхоза России от 17 мая 2011 г. No 126 «О переименовании ФГУ в ФГБУ» в федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю»
В связи с изменением наименования, путем реорганизации с федерального государственного бюджетного учреждения «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Красноярскому краю» (ФГБУ «Управление «Красноярскмелиоводхоз») на федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Сибирскому федеральному округу» (ФГБУ «Управление «Сибирьмелиоводхоз») переименовано с 07.06.2023г. в форме присоединения к нему следующих федеральных государственных бюджетных учреждений:
1. федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Республике Тыва» (ФГБУ «Управление Тывамелиоводхоз») сейчас переименовано в Тывинский филиал;
2. федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственного водоснабжения по Республике Хакасия» (ФГБУ «Управление Хакасмелиоводхоз») переименовано в Хакасский филиал.
Красноярский филиал был переименован в Березовский участок Красноярского филиала.
Минусинский филиал был переименован в Минусинский участок Красноярского филиала.
Новоселовский филиал был переименован в Новоселовский участок Красноярского филиала.